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目前，IC离子色谱柱用的分析柱主要由一定内径的柱管加上不同类型的填料所组成，针对离子色谱流动相比较多的采用酸、碱、盐的特点，目前多数离子色谱柱管材料由PEEK材料所组成（少数厂家也采用不锈钢作为柱管），随着离子色谱对柱效要求的提高，离子色谱所用的填料颗粒也越来越小，同时也对柱管所能够承受的压力要求越来越高，新型的离子色谱柱要求能够承受40Mpa的压力。
一般IC离子色谱柱内径约为4mm或4.6mm，这样的色谱柱比较适合于常规1mL/min流量的分析，针对特定的痕量分析和联用技术的需要，新型的离子色谱柱也采用微孔型离子色谱柱，微孔型离子色谱柱内径约为2mm，需要的流量只要常规离子色谱的1/4，但对于同样的进样量检测信号可以提高4倍，而所用流动相大大减少，是离子色谱今后的一个发展方向；此外，对特定的分离方式（如离子排斥）色谱柱，色谱柱内径可以采用9mm规格，而对一些用于半制备用途的离子色谱柱，也可采用大内径规格。
IC离子色谱柱管内填有颗粒大小均匀的固定相，一般商品化离子色谱柱填料主要用5~15μm颗粒的高分子聚合物小球，特定场合下也采用无机氧化物（如硅胶）颗粒，目前离子色谱柱所用填料的颗粒主要为球形，而针对填料表面结构性质（孔隙的大小），填料可以分离微孔型、大孔型和超孔型，随着离子色谱应用于复杂样品越来越多，对离子色谱柱的交换容量要求也越来越高，超孔型填料也是离子色谱的一个发展趋势。
一般情况下，IC离子色谱柱填料都含有表面功能基，针对表面功能基与固定相基质的连接方式不同，基本上可以分为接枝型和凝胶附聚型两种类型，接枝型固定相是功能基通过化学键方式与固定相基质连接，有比较高的稳定性；而凝胶附聚型的功能基是通过静电作用力，将带功能基的小颗粒与带反电荷基团的基球结合，具有非常高的表面积和交换容量。